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微生物分类的目的：把各种微生物按照它们的亲缘关系分群归类，排成系统，以便于人们对微生物进行鉴定和交流。
微生物的主要分类单位：界、门、纲、目、科、属、种、变种、亚种（小种）、型、菌株（品系）
种是最基本的分类单位
种：亲缘关系较近的微生物有机体的集合，它们在进化发育阶段上有一定的共同形态和生理特征。现代分类学上规定种内菌株的DNA同源性≥70%
变种：从自然界分离到的微生物纯种，如果与典型种之间存在某些特征的差别，而这些特征又是稳定遗传的，则可将这一纯种称为典型种的变种。如枯草芽孢杆菌的黑色变种。
小种（亚种）：实验室中获得的微生物变异型称为小种或亚种。
型：自然界存在的差异较小的同种微生物的不同类型，称为型。如结核分支杆菌依其寄主的不同可分为人型、牛型和禽型。
菌株（品系）：来源不同的同种微生物的纯培养，均可称为菌株。
群：有些微生物的特征介于两种微生物之间，我们把这两种微生物及其中间类型统称为一个群命名的方法：国际法规命名，即林奈所创立的双名法。
双名法的规则：微生物的学名依属和种而命名，由两个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成，属名在前，为名词，开头字母大写，是该微生物的主要特征。种名在后，为形容词。如：Stapylococcus aureus, Streptomyces albosporeus(Krainsky) Waksman et Henrici, Micrococcus sp.(spp.), Bacillus subtilis var.niger形 态 特 征：个体形态（形状、大小、染色反应等）、群体形态（菌落特征、液体培养特点等）
生理生化特征：代谢产物、营养要求、细胞壁成分等的测定
生态特征：微生物间各种相互关系的利用
遗传特征：DNA同源性分析 G+C的含量
其它：全细胞蛋白的分析、多位点酶的分析等
经典分类法：采用双歧法整理实验结果
数值分类法：测定100项以上的各种性状，利用计算机进行菌株的相互比较，并得出总的相似值。一般认为同种微生物菌株之间的相似值≥80%。
遗传分类法：DNA杂交（液相复性速率法原理与方法）、G+C含量的测定（热变性法、浮力密度法等）
细菌：伯杰氏鉴定细菌学手册（第八、第九版）、细菌系统学手册（第一版）
放线菌：中国科学院微生物研究所编著的放线菌目分科、分属检索表
真菌：Smith、 Alexopoulos 、 Ainsworth的分类系统
微生物是一切肉眼看不见或看不清的微小生物的总称。生物进化的道路是曲折的，表现出种种特殊的复杂情况。除进步性发展外，生物界中还存在特化和退化 生物进化的一般序列现象。特化不同于全面的生物学的完善化，它是生物对某种环境条件的特异适应。这种进化方向有利于一个方面的发展却减少了其他方面的适应性，如马由多趾演变为适于奔跑的单蹄。当环境条件变化时，高度特化的生物类型往往由于不能适应而灭绝，如爱尔兰鹿，由于过分发达的角对生存弊多利少，以至终于灭绝。对寄生或固着生活方式的适应，也可使机体某些器官和生理功能趋向退化。如有一种深海寄生鱼，雄体寄生在雌体上，雄体消化器官退化，唯有精巢特别膨大，以保证种族繁衍。 上海生物进化科普展生物界各个物种和类群的进化，是通过不同方式进行的。物种形成（小进化）主要有两种方式：一种是渐进式形成，即由一个种逐渐演变为另一个或多个新种；另一种是爆发式形成,即多倍化种形成,这种方式在有性生殖的动物中很少发生，但在植物的进化中却相当普遍，世界上约有一半左右的植物种是通过染色体数目的突然改变而产生的多倍体。物类形成（大进化）常常表现为爆发式的进化过程，从而使旧的类型和类群被迅速发展起来的新生的类型和类群所替代。
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